在《超级机器人大战Y》中，您可以解锁许多秘密机甲外观、攻击和能力。请注意，有些秘密需要您完成特定的支线任务，而另一些则必须故意不完成。无论哪种情况，本指南都将为您提供基础游戏中的所有秘密，包括如何解锁它们的提示。
机甲外观
为了尽早获得这个秘密，您必须完成“外星人漂流”任务（第 2 章：第 2 阶段）。在这个任务中，Show和Daba的总分需要超过50分。之后，你需要完成“灵气女士”支线任务（第二章：第8阶段）。但请注意，完成主线任务“新世界的誓言”（第三章：第六阶段）后，您将无法访问“光环女士”任务，因此请提前完成。如果你做的一切都是正确的，那么以下机甲将会提前出现：
- 比尔宾
- 大伽蓝
- 小说
- 奇迹
- 不
- 敏锐的
Leccee 的头发和服装
在这里，您在完成主线任务“外星人漂流”（第 2 章：第 2 阶段）时必须达到总分超过 50 分。然后，完成支线任务“光环女士”（第2章：第8阶段），并认识到在任务期间，您对Leccee的外表做出了对话选择。
如果您希望 Leccee 穿紫色衣服并留短发，请选择“Leccee 绝对不能改变”选项。如果您希望 Leccee 穿蓝色衣服并留长发，请选择“我可以看到 Leccee 的新造型”。即使完成主线任务“新世界的誓言”（第3章：第6阶段），Leccee仍然会留着长发和蓝色服装。
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西尔宾外观
如果你想比平时更早看到西宾，那就完成主线任务“外星人漂流”（第2章：第2阶段）。这里，Show和Daba的总分也需要达到50分以上。然后，完成支线任务“灵气女士”（第2章：第8阶段）和支线任务“拜斯顿井，永恒”（第2章：第12阶段）。
L-Gaim Mk-II 外观
要获得 L-Gaim Mk-II 的早期外观，请完成主线任务“从深渊归来”（第 2 章：第 5 阶段）。然后，完成支线任务“灵气女士”（第2章：第8阶段）。请注意，您需要完成早期的 Billbine、Gran Garan 和其他角色的秘密才能完成此任务。另外，Daba 的分数需要达到 55 分或以上。最后，完成支线任务“双心”，一旦完成主线任务“新世界的誓言”（第三章：第六阶段），该任务将变得不可用。
更多单位
完成第二章“伟大的王子，出击”。要做到这一点，Izuru，Asagi，Kei，Tamaki和Suruga必须全部得分85。然后，完成支线任务“六号的绝望”（第2章：第11阶段），一旦完成主线任务“新世界的誓言”，该任务将变得不可用。完成此操作后，以下单位将更早出现：
- 黑6
- 犀牛
- 戈迪尼翁
- 漫游
解锁秘密舞台
如果你想解锁“如何成为英雄”，那么就不要完成“战斗的理由”。相反，完成第二章的“雄伟的王子，出击”阶段。请注意，在“成为英雄”解锁后，“战斗的理由”将无法在游戏的其余部分中访问。
我们来到高达与扎塔
完成“外星人漂流”主线任务（第 2 章：第 2 阶段）。另外，“伦敦之钟”和“夏尔与阿姆罗”，或者“红色彗星的凝视”和“白色流星所看到的光”，是你必须在第二章中完成的支线任务。卡米尔和阿姆罗的总分达到 90+。完成“超越时间，超越空间”的支线目标。
无论分数如何，“超越时空”无疑将在完成“新世界誓言”（第三章第六阶段）后解锁。但在完成主要目标后“？？？” （第4章：第5A阶段）或“忍者的叛乱”（第4章：第5B阶段）、“超越时间，超越空间”将无法进入。
命运高达＆露娜玛丽亚
这两个解锁需要完成“被诅咒的机动战士”主线任务（第2章：第4阶段）。到了这个阶段，希恩的得分肯定超过了五十分。最后，完成“谁决定命运”支线任务（第2章：第15阶段）。
砂岩高达特装
如果您想定制砂岩高达，请完成“诅咒机动战士”主线任务（第2章：第4阶段）。之后，完成“正义与友谊”支线任务。一旦主线任务“从深渊归来”完成（第二章：第五阶段），“正义与友谊”将不再可用。
改良机甲
完成主线任务“被诅咒的机动战士”（第2章：第4阶段）和支线任务“正义与友谊”后，可以强化多台机甲。 Heero 的得分必须超过 55 分。
之后，完成“知痛者”支线任务和主线任务“新世界誓言”，即使希罗的分数低于55分或“正义与友谊”未完成，也会立即解锁“知痛者”。如果“知道痛苦的人”没有完成，所有五架高达将在第五章第五阶段得到强化，例如：
- 高达零式
- 地狱死镰高达
- 高达重装定制
- 砂岩高达特装
- 阿尔创高达
秘密袭击
你可以解锁两种秘密攻击：God Voice 和 Grandasher。为此，您需要完成“银河歌手”（第 2 章：第 6 阶段）。 Akira 和 Hyoma 的总分需要超过 100 分。然后，完成“毁灭之鸟之歌”支线任务。无论分数如何，“新世界誓言”一旦完成就会解锁“毁灭之鸟”。一旦你未能完成“毁灭之鸟”，这将导致在第五章：第四阶段增加秘密攻击。
更多锁具
完成第二章支线任务“伦敦之钟”、“夏尔与阿姆罗”或“红色彗星的凝视”、“白色流星所看见的光”。然后，完成第三章支线任务“红色彗星的使者”或“红色彗星的冲锋”，解锁塔尔吉斯三世、金牛座和强袭自由。
沙扎比与夏尔
为了解锁沙扎比和夏亚，需要完成第二章的支线任务“伦敦之钟”和“夏亚与阿姆罗”或者“红色彗星的凝视”和“白色流星看到的光”。完成第二章的“引导未来的手”至关重要。阿姆罗要求分数在40分以上。
然后，完成支线任务“红色彗星的冲锋”。当要求完成后，“红色彗星的先驱”将被这个阶段取代。突击自由、金牛座和塔尔吉斯 III 加入了这两个支线任务。
新能力
如果您完成“他们的选择，和她的”（第 3 章：第 4 阶段），您可以解锁多种新的 G 高达能力和攻击。然后，完成支线任务“黑暗复仇”和“超越主人和自己”。一旦完成这些，所有新的攻击和能力将在第 5 章：第 3 阶段解锁。
古埃尔杰图克
如果您成功赢得与苏莱塔的所有决斗，他将在“女巫的愿望”（第 4 章：第 3 阶段）中加入您。